- Phần 2 của "G.I. Joe" bắt đầu khi những người lãnh đạo nước Mỹ bị tổ chức Cobra (kẻ thù không đội trời chung của đội đặc nhiệm G.I.Joe) kiểm soát và ra lệnh loại bỏ G.I.Joe. Toàn bộ nhóm đặc vụ bị gài bẫy và gần như bị xóa sổ. Những người còn sống của đội đặc nhiệm tìm đến sự giúp đỡ của người lãnh đạo G.I. Joe năm xưa - tướng Joe Colton để cùng nhau tìm nguyên nhân thực sự của mọi chuyện và tìm cách giải cứu nước Mỹ. Khi Zartan - kẻ theo phe ác Mãng Xà - đột nhập vào Nhà Trắng và cải trang thành tổng thống. Lần này, đội quân G.I. Joe không những phải chiến đấu với kẻ thù truyền kiếp Cobra mà còn phải đối mặt với những hiểm họa cho sự tồn tại của họ từ phía chính phủ, mà đứng đầu bây giờ là Zartan trong lốt tổng thống. Roadblock (The Rock) cùng với Duke (Channing Tatum) là những “chiến binh” trụ cột của G.I. Joe cùng dẫn dắt biệt đội hoàn thành sứ mệnh. Sự xuất hiện trở lại của Lam Ảnh (Lee Byun Hun), nhân vật tưởng như đã chết trong phần trước, cũng đưa câu chuyện sang ngã rẽ mới.
